Formation Inter-régionale CNRS-Inserm-INRA/Ecole chercheur

Ecole chercheur Interactomique : apports de la spectrométrie de masse et des approches protéomiques

Fiche d'inscription disponible à:http://www.supagro.fr/enquetes/index.php?sid=56519&lang=fr
Date limite d'inscription le 17 avril 2012

Présentation
Les interactions protéiques régulent les mécanismes les plus fondamentaux de la vie cellulaire. La spectrométrie de masse, associée à des méthodes biochimiques de sélection des complexes protéiques, est largement utilisée pour identifier ces interactions. Des outils mathématiques permettent de simuler les réseaux d’interactions et de gérer la complexité reliant les différentes molécules. L’étude de l’interactome est encore un domaine en émergence et par nature très largement interdisciplinaire. Il fait appel à des expertises diverses dans les domaines de la biochimie des protéines, de l’analyse par spectrométrie de masse et les analyses biostatistiques et bioinformatiques.
La formation se propose, à partir de plusieurs exemples concrets, d’enseigner les étapes d’une approche protéomique dans l’étude de l’interactome et de l’intégration de ces données dans des réseaux d’interaction. Une attention particulière sera portée sur les progrès récents en purification de complexe à large échelle (purification par affinité, immunoprécipitation, TAF, BN- AGE…), sur les aspects quantitatifs (marquage isotopique, label-free,…) et les aspects bioinformatiques (bases de données ; DIP, IntAct, BIND,…).

Objectifs de la formation- Connaître les étapes d’une approche protéomique dans l’étude de l’interactome
- Etre capable d'intégrer ces données dans des réseaux d’interaction
- Appréhender les approches d’études de l’interactome protéique et évaluer les performances et limites des technologies employées

Pré-requis
Avoir des connaissances de base et une pratique de l’analyse protéomique par spectrométrie de masse
Utilisateurs directs des technologies de la protéomique au sein des plates-formes et plateaux techniques, ainsi qu’aux biologistes porteurs de projets qui ont une bonne connaissance de l’analyse protéomique

Une école chercheur organisée avec le soutien de:
Modalités pédagogiques de l’atelier pratique Cytoscape
Cytoscape est un logiciel libre permettant de visualiser des réseaux biologiques, de les manipuler et d’intégrer des données (publiques et personnelles) de différente nature; cette plate-forme est enrichie par de nombreux modules d’analyse bioinformatique développés par la communauté internationale permettant d’exploiter ces réseaux. Au cours de cet atelier une étude de cas sera réalisée par les participants visant à mettre en oeuvre les fonctionnalités de Cytoscape.
Pour en savoir plus: http://www.cytoscape.org/ (le nombre de place est limité)
Pour suivre cet atelier, il vous est demandé de venir avec votre ordinateur portable.
En cas d’impossibilité, merci de le signaler lors de votre demande d’inscription.

Frais d’inscription
· Pour les personnels rémunérés par l'Inserm, le CNRS ou l'INRA : 950 euros net de taxe
Merci de contacter votre service formation et le responsable de votre unité pour obtenir les prises en charges financières
· Pour les personnels d'autres EPST ou académiques (non rémunérés ou non pris en charge par les 3 organismes) : 950 euros net de taxe
Merci de prendre contact avec valerie.menetrier@supagro.inra.fr
· Pour les personnels d'autres structures (entreprises privées, fondations,...) 1600 euros net de taxes
Merci de prendre contact avec valerie.menetrier@supagro.inra.fr
Ces coûts comprennent, l'inscription, la restauration et l'hébergement sur le lieux de l'école chercheur mais ne comprennent pas les coûts de transports pour vous y rendre
Nombre de participants : 70

Dates : du lundi 11 juin (accueil à partir de 11h) au jeudi 14 juin 2012 14h
(repas de midi inclus)

Lieu : Belambra VVF Le Ponant - La Grande Motte (34)
Comité d'organisation
Luc Camoin, Pierre-Edouard Bougis (Marseille Protéomique, Inserm-U1068-CRCM et
CRN2M, Marseille)
Michel Rossignol, Sonia Hem (Pôle Protéome Montpellier, INRA, Montpellier)
Philippe Marin, Franck Vandermoere (Pôle Protéome Montpellier, IGF, Montpellier)
Odile Schiltz, Bernard Monsarrat (IPBS, Toulouse)
Myriam Ferro, Yves Vandenbrouck (EDyP, CEA/Grenoble)
Marie-Laure Olive, Bénédicte Terrier, Laurence Doumenc et Claudie Sanjuan FP Inserm
Candie Lacroce et Christophe Lebègue (FP INRA Montpellier)
Alexandre Teste, Sylvie Cabal et Isabelle Chang (FP CNRS)
La date limite d’inscription est fixée au 17 avril 2012.
La sélection des candidats aura lieu le 23 avril 2012.

Programme prévisionnel
JOUR 1 - Lundi 11 juin 2012
14h00-14h15 Introduction
Pêche aux complexes
14h15-15h15 Interactome of a yeast chromatin-associated protein: a case study for developing an approach combining tandem affinity purification to label-free quantification (André Verdel, Institut Albert Bonniot, Grenoble)
15h15-16h15 Tag in vivo et analyse de complexes (Romain Roncagalli, CIML Marseille)
16h30-17h15 Apport de la réticulation au formaldéhyde in vivo et de la spectrométrie de masse pour l'étude des complexes protéiques (Marie-Pierre Bousquet-Dubouch, IPBS Toulouse)
17h15-18h30 Table ronde 1 (Philippe Marin, IGF Montpellier et Stéphane Audebert, MaP Marseille et intervenants) : Comment enrichir les complexes, comment choisir un tag etc.

JOUR 2 - Mardi 12 juin 2012
Aspect séparatif
8h30-9h30 L'électrophorèse bidimensionnelle BN/SDS-PAGE appliquée à l'analyse des complexes protéiques bactériens (Marc Bonneu, IPB Bordeaux)
Aspects quantitatifs
9h30-10h00 Introduction - Overview des différentes méthodes de quantification ; Gel vs. Non-gel (Michel Rossignol, Inra Montpellier)
10h15-11h15 Analyse quantitative de la dynamique des interactions proteine-proteine par une approche SILAC (Séverine Boulon, IGF Montpellier)
11h15-12h15 Analyse de complexes protéiques par des approches quantitatives sans marquage (Anne Gonzalez de Peredo, IPBS Toulouse)
14h00-15h00 Table ronde 2 (Franck Vandermoere, IGF Montpellier et Yohann Couté, EDyP Grenoble et intervenants) : Qu’est qu’un partenaire potentiel? Choix des contrôles ; Interaction labile etc.
Approches complémentaires
15h15-16h15 La technologie BIA: de la mesure des interactions moléculaires à l'identification de partenaires d'interaction par couplage BIA-MS (Frédéric Lopez, CRCT, Inserm, Toulouse)
16h15-17h15 Etude des interactions et des événements biologiques par la technologie HTRF (Eric Trinquet, Cisbio, Marcoule)
17h30-18h30 Structural complexomics (Christoph Bienossiek, Grenoble)

JOUR 3 – Mercredi 13 juin 2012
Aspects bioinformatiques
8h30-9h30 Réseaux d’interactions - Présentation d’outils bioinformatiques pour l’exploration et l’analyse des données (Christine Brun, TAGC Marseille).
9h30-10h30 Bases de données d’interaction (Oana Vigy, IGF Montpellier)
10h45-11h30 Gene ontologie, analyse d’enrichissement dans le cadre d’une analyse interactomique (Carl Herrmann, TAGC Marseille)
11h30-12h15 Introduction à Cytoscape (Christine Brun, TAGC Marseille ; Yves Vandenbrouck, EDyP Grenoble)
14h00-15h00 Prédiction de la structure des complexes protéine-protéine (Anne Poupon, INRA, Tours)
15h15-16h30 Table ronde 3 (Yves Vandenbrouck, EDyP Grenoble et Christine Brun, TAGC Marseille et intervenants) : Approches bioinformatiques
17h00-18h45 Formation pratique in-situ sur Cytoscape (Yves Vandenbrouck, EDyP Grenoble et Christine Brun, TAGC Marseille)
10-12 personnes maximum

JOUR 4 - Jeudi 14 juin (matin)
Organisation spatiale et dynamique des complexes
8h30-9h30 The use of high measured mass accuracy for protein cross-links mapping (Alex Scherl, Suisse)
9h30-10h30 Nouvelles approches en spectrométrie de masse pour l’analyse de complexes noncovalents intacts : MS native et couplage IM-MS (Sarah Sanglier, Strasbourg)
10h45-11h45 Ion Mobility Mass Spectrometry for Structural and Dynamical Biology (Justin Benesch, Oxford, UK)
11h45-12h30 : Évaluation et conclusions